Film, gece vakti oto lastikçisi olduğu anlaşılan bir mekânda üç kişinin bir masa etrafında oturduğu bir uzun planla başlamaktadır. Masadaki detaylardan kişilerin alkol aldıkları anlaşılmaktadır. Bu sahne filmin jenerik öncesi sahnesidir. Ardından bozkırda karanlıkta uzanan arabalar belirmektedir. Araçların bir çeşme altına durduğu görülür. Oto lastikçide görünen üç adamdan ikisinin ellerinin kelepçeli olduğu, Komiser Naci (Yılmaz Erdoğan) karakteri ise Jandarma ve Savcı (Taner Birsel) ile kayıp olduğu anlaşılan bir cesedin araştırması içindedirler.

İlk çeşme sahnesinde zanlı Kenan karakteri (Fırat Tanış) cesedi gömdükleri yeri hatırlayamadığını belirtmektedir. Başka bir çeşmenin arkasında olma ihtimali olabileceğini ve alkolün etkisiyle tam hatırlayamadığını söylemekle yetinen Kenan, gece karanlığında cinayeti aydınlatmaya çalışan ekibi başta bu işin hemen çözüleceğini taahhüt eden Komiser Naci olmak üzere Savcıyı da oldukça sinirlendirmiştir.

Filimin çatışan karakterleri arasında yer alan Savcı Nusret ve Komiser Naci iki farklı araçta ceset arama çalışmalarını yürütmektedir.  İşlerin uzaması sonrası Savcı’nın, Komiser Naci’ye hesap sorması Komiser Naci’yi rahatsız etmiştir. Bu tavır karşısında rahatsızlığını yolculuk sırasında içinde bulunduğu aracın şoförü Arap Ali (Ahmet Mümtaz Taylan) ile paylaştığı görülmektedir. Araçta, Doktor, Zanlı Kenan ve diğer polis İzzet de bulunmaktadır. Haklılığını kimsenin ona karşı gelemeyeceği bir ortamda arayan Komiser Naci, eşi arayana dek bu hak arayışına devam eder. Telefonda Komiser Naci’ye nerede olduğu konusunda hesap sorduğu çevredekiler tarafından da duyulmaktadır. Karakterin bu sahnede özel hayattaki konumu ile iş arasında ki konumu arasında farklı yerlerde olduğu görülmektedir.

Daha sonraki bir çeşme sahnesinde Komiser Naci, ceset arama çalışmasında kazma işleriyle uğraşan iki kişiyi neden ikinizde de kürek var gibi sebeple azarladığı görülür. Kendinden üst hiyerarşiden olan birinin iş sebebiyle onu azarlaması onun da yine başka bir sebepten kendinden alt hiyerarşiden birilerini azarladığı görülmektedir.

Film, kişisel sorunlar, mesleki çekişmeler ve bir türlü bulunmayan ceset etrafında devam etmektedir. Gece karanlığında bir köydeki muhtarın evine uğrarlar. Hem karınlarını doyurmak hem de yorucu devem eden gece biraz dinlenmek isterler. Muhtarın Savcı’dan birtakım beklentileri, istekleri vardır. Herkesin bir üstünden bir beklentisinin olduğu bir ortamın örnekleri gösterilmektedir.

Sabah olduğunda ceset bir başka çeşmenin arkasında bulunur ve otopsi yapılmak üzere ilçeye götürülür. Yorucu bir gecenin ardından işlerin çözülmesi cesedi arayanları memnun etse de kendilerinde birtakım sorgulamaları, yaptıkları bu uzun yolculuk aynı zamanda kendilerini aradıkları bir yolculuğa dönüşmektedir.

Bir Zamanlar Anadolu’da filmindeki karakterlerin sınıf farklılıkları olduğu görülmektedir. hiyerarşik bir düzende herkesin birbirinden memnun olmadığı, adeta küçük iş ilişkilerin küçük insanları olarak görülse de gece karanlığında hissedilen bir ayrımın  olduğu göze çarpmaktadır.  İşlerin yolunda gitmediği zamanlarda bu düzenin en başındaki kişi olan Savcı Nusret, bir altındaki ve işten sorumlu olan Komiser Naci’ye hesap sormaktadır. Komiser Naci de önce zanlı Kenan’ı hırpalar ve sonra kazıcılara işlerini düzgün yapması gerektiğini söyler. Küçük bir kasaba da geçen hikâye de sınıf düzeninde herkesin birbirini ezebildiği, yetkisini rahatlıkla kullanabildiği görülmektedir. Özellikle Savcı ile Komiser arasındaki çatışma gece karanlığından iş çözülene dek devam etmektedir.

Kameranın gece boyunca karakterleri ceset bulma konusunda takip ettiği görülmektedir. İç ritmi gayet akıcı olan filmde, uzun diyaloglar bazen ise şiirsel görüntüler yerini almaktadır. Nuri Bilge Ceylan sinemasındaki gerçekliğin bu filmde de çokça görüldüğü aşikardır. Karakterler inandırıcı ve çoğu yerde örnekleri olabilecek türde oldukları söylenebilir. İnsan ilişkilerinin başarılı bir anlatımın yanı sıra karakterlerin kişisel sorunlarına da şahitlik edilmektedir. Cinayeti aydınlatmak bir yana her karakterin bir kişisel sorunu olduğu görülür. Doktor, o kalabalığın içinde yalnız ve içe dönük biridir. Fazla konuşmaz ama kasabadaki insan ilişkilerinden rahatsız olduğunu belli etmektedir. Savcı, eski karısının ölümü ile ilgili birtakım sorunları, Komiser Naci’nin oğlunu rahatsızlığının evinde verdiği huzursuzluk gibi karakterlerin yüzleştiği sorunlarda film boyunca devem eder ve bir çözüme ulaşmaz.

Ceylan sinemasındaki açık uçlu son bu filmde de görülür. Final sahnesindeki otopsi anında ölen adamın canlı olarak gömülebilme ihtimali olduğu ortaya çıkar. Doktor, bunu önemi olamadığı belirtir ve tutanakta bu detaylara yer vermez. Aslında cinayet başka bir yöne doğru gidebilecekken bunun net olarak çözülmediği anlaşılır.

Küçük bir kasabanın insan ilişkileri, bu bağlamda insan ilişkilerinin çıkar ilişkisine dayandığı bir düzenin yansımasını Bir Zamanlar Anadolu’da filminde görülmektedir.